Desde o início, a Tapa-Buraco foi polêmica. Muito criticado pela oposição por ter sido lançada em um ano eleitoral, o programa também foi alvo de críticas de especialistas, que afirmaram que as obras eram apenas paliativas.
Nardes também listou uma série de irregularidades verificadas pelos auditores do TCU, como indícios de sobrepreço e obras executadas sem contrato. Por causa disso, disse, alguns responsáveis pelas obras no Departamento Nacional de Infra-Estrutura de Transportes (DNIT) foram multados pelo Tribunal de Contas. Nardes, porém, não informou, precisamente, quantas multas foram aplicadas.
Recentemente, o Tribunal da União fez uma nova auditoria em cerca de dez trechos do programa, selecionados dentre os cerca de cem que foram fiscalizados pelo órgão no primeiro semestre. Segundo o secretário de Fiscalização de Obras da Corte, Cláudio Sarian, pelo menos em quatro dos dez trechos selecionados, a pista voltou a apresentar dificuldades, entre eles, o trecho baiano das Rodovias BR-330 (entre os quilômetros 718 e 830) e da BR-020, em Goiás, do início da estrada até o quilômetro 252.
Para Nardes, parte das obras da operação não foi feita como deveria porque o DNIT não tem uma quantidade suficiente de técnicos para fiscalizar as obras. Nardes disse também que o País tem, anualmente, um prejuízo de R$ 1 bilhão a R$ 1,5 bilhão por causa da falta de um trabalho adequado de prevenção contra o desgaste das rodovias e também pela precariedade do serviço de pesagem dos caminhões que circulam nas estradas.